História
Residente de Amegakure (Vila Oculta da Chuva), como o atual líder. É considerado um deus por trazer, de certa forma, a paz a Amegakure e por causa de seus feitos. Se motrando totalmente diferente de quando Jiraya havia partido. Frio e calculista. Se auto intitula uma divindade, por causa de seu extremo poder. De acordo com a única mulher da Akatsuki, Pain nunca perdeu uma batalha.
Por um tempo Amegakure esteve em guerra e Pain buscando poder, se tornou líder de uma das facções. Assassinou o antigo Kage, Salamander Hanzou, tido como um dos shinobis mais fortes existentes, e assumiu o posto. Sem nenhuma ajuda derrotou o resto dos remanescentes da Antiga Amegakure, vencendo a guerra. Além disso matou todas as pessoas próximas do líder da vila reduzindo a nada os restos da antiga vila e criando assim uma nova. Se mantendo em sigilo, alguns habitantes o veneram como salvador, e outros nem acreditam na sua existencia. Mas de fato Pain é tido como um Deus.
Durante boa parte da série seu rosto foi mantido oculto. Se revelou logo após a luta entre Deidara e Sasuke, onde Deidara se matou. Após receber o aviso da morte do mesmo, disse aos outros membros que estaria de luto e se retira, como se estivesse á espera de algo. É mostrado o lugar onde ele reside, em uma torre, que mais tarde seria confirmado que este lugar seria a atual Amegakure.
É chamado por Konan para conversar com uma figura misteriosa. Essa figura misteriosa se revela, é Tobi que surpreendeu, pois todos pensavam que havia morrido na explosão na qual Deidara provocou para matar Sasuke. Tobi expõe claramente um Sharingan em seu olho direito em suas aparições mais recentes, e diz ter o mesmo poder do fundador do Clã Uchiha, Uchiha Madara. Ordena a Pain que capture Naruto pessoalmente.
Foi intervido por Jiraya, que chegou em Amegakure um tempo depois da partida de Tobi. Onde Jiraya se supreende pois achava que seus antigos alunos estavam mortos. Os dois iniciam uma luta. Jiraya a todo custo tenta desvendar a identidade de Pain, mais a cada tentativa ele se tornava cada vez mais misterioso. É surpreendido pelos diversos corpos que Pain possui, 6 no total, e perde o braço esquerdo.
No fim Jiraya é derrotado e friamente morto por Pain. antes de morrer criptografou um código e marcou nas costas de um de seus sapos enviando ele pra fora do campo de batalha. Também tinha descoberto que todos os corpos possuem o Rinnengan e são ninjas que já cruzaram o seu caminho. Ápós a luta, Pain afirma que teria perdido a luta se não fosse seu segredo. Mais informações sobre Pain estão por vir com o decorrer do Mangá.
Força
Pain ainda não demonstrou nenhuma habilidade específica, sendo sua real força um místerio, mas aparenta ser forte o suficiente para ser líder da Akatsuki. Possui controle sobre a chuva que cai todos os dias em Amegakure, como um campo de rastreamento que detecta qualquer coisa na chuva, como um shinobi, tendo assim total controle sobre a área.
Segundo Jiraya o Rinnegan o permite aprender qualquer jutsu ensinado e controlar os 5 elementos presentes na natureza do Chakra. Aparenta saber quase todos os Kinjutsos e possui um jutsu que faz clones perfeitos capazes de usar jutsus dos usuários originais. Criou um dos jutsus usados para os bens da Akatsuki.
No capítulo 374 do mangá ele fez uma citação em que supõem-se que tenha o poder da clarividência (capacidade de prever o futuro). Seus corpos compartilham a mesma visão, podendo assim ver o alvo de angulo diferente. Também aparentam cada corpo possuír uma habilidade de especifica.
Nagato invoca uma estátua gigantesca, parecida com a Estátua de Selamento de Bijuus, mas esta não fica algemada e tem os olhos cobertos. Uma vez chamada a estátua insere nas costas de seu invocador várias lâminas de chakra, e com isso o usuário pode chamar um dragão da boca da estátua que remove a alma de qualquer pessoa que entrar em contato, causando morte instantânea. Só pode ser invocado por quem possuir o rinnegan Pein Círculo de Deus, o líder da Akatsuki, invoca uma estátua de nove olhos (todos fechados) e com as mãos algemadas. A finalidade dessa estátua é a de selar todos os noves Bijuu's; sendo que ao todo, sete já foram selados, e sabe-se que o quarto Bijuu selado foi o de Sabaku no Gaara, Ichibi no Shukaku, o quinto foi o Nekomata de Duas Caudas de Yugito Nii, o sexto foi o Sanbi, e o sétimo foi o Yonbi de Roushi. Também sabe-se que o último Bijuu que a Akatsuki capturará será o de Naruto Uzumaki, a Kyuubi no Yoko. Os três primeiros a serem selados foram os Bijuu's Gobi, Shichibi e Rokubi; sendo assim os únicos Bijuu's restantes são Oito Caudas e a Kyuubi no Yoko. Quando um Bijuu é capturado, uma pupila aparece no olho correspondente às caudas do Bijuu. Invocado pelo Possuidor do Rinnegan Pein Círculo das Bestas pode invocar até seis corpos, de aparência diferentes, mas com características semelhantes: Todos possuem diversos piercings negros e todos possuem o Rin'negan. Com esse tipo de invocação, Pein torna-se quase impossível de ser atacado, já que cada corpo pode enxergar a mesma cena de diferentes ângulos, e cada um dos corpos, podem enxergar tudo o que os outros vêem. O único meio de vencer Pein é tornar cega a visão dos outros corpos e atacar um a um. Cada corpo pode utilizar somente um tipo de jutsu, que são divididos em cada um pelo corpo principal (Nagato); são eles: de Invocação(Pein Círculo das Bestas), de Absorção de Chakra(Pein Círculo dos Fantasmas Famintos), Jutsus Médicos e o Jutsu de Reencarnação(Pein Círculo do Inferno), Manipulação da Gravidade(Pein Círculo de Deus),Manipulação Mental(Pein Círculo dos Homens) e um dos corpos é uma espécie de máquina(Pein Círculo dos Demônios). Só Invoca Possuidor de Rinnegan Pein Círculo das Bestas tem a capacidade de reunir muitas criaturas. Uma dessas é um camaleão gigante,que tem a capacidade de ficar invisível,assim fazendo que o usuário também possa ficar invisível. Sua aparência se difere de um camaleão normal (lembra uma quimera) tem o corpo de um camaleão, possui asas, chifres e uma cauda de serpente. Todas as Invocações de Pein Círculo das Bestas possuem olhos semelhantes ao Rin'negan (a aparência é igual mas não apresenta nenhuma das habilidades do Rin'negan). USUÁRIO :Rinnegan Pein Círculo das Bestas invoca um cão de três cabeças gigante, que ao ser atacado faz surgir uma nova cabeça, e quando quer atacar pode se dividir em cães menores, sendo seu número respectivo ao de cabeças. Todas as Invocações dePein Círculo das Bestas possuem olhos semelhantes ao Rin'neganRin'negan). (a aparência é igual mas não apresenta nenhuma das habilidades doRinnegan)Kuchiyose • Gedou Mazou(Invocação • Estátua Demoníaca do Outro Caminho)
Kuchiyose • Fuuin no Dôzô (Invocação • Estátua de Selamento)
Kuchiyose • Pein no Rikudou (Invocação • Seis Caminhos da Dor)
Kuchiyose • Kimera Kamereon (Invocação • Camaleão Quimera)
Kuchiyose • Keruberosu (Invocação • Cerberus)